宿迁市中医院起源于1959年6月成立的宿迁县马陵医院，1965年5月组建的宿城卫生院，1982年8月在宿城卫生院基础上，组建了宿迁县中医院，1986年12月县改市后更名为宿迁市中医院，1996年7月设立地级宿迁市，核定医院名称仍为宿迁市中医院，2008年5月6日整体迁入现址。

　　2009年6月成为南京中医药大学教学医院，2013年5月创建成为国家三级甲等中医医院，2016年3月成为南京中医药大学附属医院，2019年12月成为宿迁市紧急医学救援基地，2020年12月成为第三批国家级住院医师规范化培训基地。

　　2005年10月，医院改制为国有资本参股的非营利性医疗机构;2010年10月，医院规范化改造为国有资本控股非营利性医疗机构;2020年8月，医院确定为公有性质，定性为公立三级甲等中医医院。

　　医院占地71.71亩，现有建筑面积76981平方米，规划设置床位1008张，实际开放床位600张。设有临床科室33个(其中一级科室22个、二级科室11个)，医技科室15个。现有国家中医临床重点专科建设单位1个(肛肠科)、省级中医临床重点专科1个(脑病科)，市级中医临床重点专科5个(肛肠科、脑病科、骨伤科、脾胃病科、儿科)，市级临床重点专科1个(泌尿外科)，市级中医重点专科建设单位2个(妇科、肾病科)，儿科同时为宿迁市临床重点学科1个(儿科)。

　　医院现有职工902人，高级职称126名，中级职称251名，硕士以上学历 36名，江苏省名中医1名，宿迁市名中医4名，省级以上优秀人才13名。

　　医院医疗设备齐全，拥有核磁共振(3.0)、西门子CT(256排)、电子胃肠镜、海博刀系统、腹腔镜、悬吊DR、贝克曼生化免疫流水线、迈瑞血球流水线、GNT采血流水线等一大批高端仪器设备。

　　根据《城市公立医院医药价格综合改革的指导意见》苏价医[2015]234号、《宿迁市城市公立医院医药价格综合改革指导意见》宿价医[2016]6号文件要求，医院于2020年10月9日正式执行城市公立医院价格改革政策，医院药品(中药饮片、医院制剂除外)医用耗材实行零差率销售。所有药品(中药饮片除外)、医用耗材、检验检测试剂全部从江苏省公共资源交易中心平台采购(阳光平台)，有效减轻人民群众用药负担。

　　近年来，医院秉承“突出中医药特色、融汇中西医优势、服务百姓健康”的办院理念，加大中医药特色服务投入力度，成立中医经典科积极采用多种中医特色治疗项目服务临床，兼容并蓄各名中医经验诊治临床多种专科疾病;成立“治未病”健康管理中心形成以中医体质辨识、心理评估及中医调养为导向的身心健康评估模式，配合评估个体健康状态、风险预警并进行早期干预，实现“未病先防，既病防变，瘥后防复”的保健养生目的;依仗强大的中医文化底蕴打造具有中医传统医学特色的现代化儿童康复医学中心等。并结合医院“三伏贴”、“三九贴”、“三九灸”、“膏方节”等活动，定期邀请省名中医来院坐诊，让广大人民群众在家门口就能得到省级专家的医疗服务，得到了人民群众的一致好评。